可能です。
スキャン設定＞認証情報＞ログイン設定から企業IDなど必要な認証情報を追加してください。
「ログインID ：」の入力欄下の「+ID追加」から、IDを追加可能です。

なお、ログインID欄に入力するIDは、画面の入力欄の表示順にご入力ください。

例えば、対象サイトのログイン画面にて、上から「企業ID」「ログインID」の順に入力欄が表示されている場合、AeyeScanのログイン設定においても、先頭に企業IDを入力し、「+ID追加」で追加した欄にログインIDを入力ください。